本會以會員大會為最高權力機構，會員(會員代表)大會閉會期間，由理事會代行其職權；監事會為監察機構。
本會置理事卅一人、監事九人，由會員(會員代表)選舉之，分別成立理事會、監事會。
| 職稱 | 姓名 |
|---|---|
| 榮譽理事長 | 張志清教授、周淑敏博士 |
| 現任理事長 | 呂錦山教授 |
| 常務理事 | 張志清、呂錦山、周淑敏、林泰誠、桑國忠、 李曙光、汪秋月、劉詩宗 |
| 理事 |
朱經武、吳進發、邱榮和、鍾政棋、林炯炘、楊崇正、 黃志良、蔣鎧淩、劉仲矩、張弘宗、郭彥谷 |
| 後補理事 | 林秋芬 |
| 監事主席/召集人 | 趙時樑教授 |
| 常務監事 | 趙時樑、郭信一、張淑滿 |
| 監 事 | 辜馨峰、康庭瑋、郭義隆、陳秀育、郭志成 |
| 姓名/ 職稱 | 學 歷 | 經 歷 |
|---|---|---|
| 張志清 榮譽理事長 | 英國布里斯托大學 海商法 博士 | 國立臺灣海洋大學教授兼副校長 前台灣港務股份有限公司董事長 |
| 周淑敏 榮譽理事長 | 成都理工大學 博士 台北科技大學商業自動化與管理研究所 碩士 |
沛華實業集團 行政長 |
| 呂錦山 理事長 | 英國卡地夫大學 博士 |
國立陽明交通大學運輸與物流管理學系 教授 前香港理工大學物流及航運學系 教授 前香港理工大學董浩雲國際海運研究中心 主任 |
| 趙時樑 常務監事 | 成功大學交通管理科學研究所 博士 | 國立臺灣海洋大學航運管理學系 教授 |